Наприкінці 1942 року фірма «Юнкерс» отримала завдання на розробку нового чотиримоторного бомбардувальника, оснащеного турбореактивними двигунами. Проєкт Ju-287 передбачав створення літака, здатного літати на швидкостях не менше 800 кілометрів на годину. У той час кожна сотня кілометрів була справжньою фортецею, яку доводилося довго облягати перед захопленням. Але обстановка на фронтах вимагала більш швидкісної техніки, і інженери постійно пропонували нові ідеї.
Вироблення аеродинамічного вигляду нової машини було доручено аеродинамічному відділу «Юнкерса» під керівництвом Ганса Вокке. Вимоги щодо швидкості змушували застосовувати особливий підхід до аеродинаміки літака. Тим не менш, фюзеляж вдалося зробити без особливих вишукувань. Значно більше труднощів викликали хвостове оперення та крило. Необхідна висока швидкість польоту змушувала конструкторів застосувати стрілоподібне крило. Завдяки особливостям обтікання воно підвищувало теоретично можливі швидкості польоту. Водночас оптимальна для такої швидкості стрілоподібність суттєво погіршувала злітно-посадкові характеристики літака. Тому інженери «Юнкерса» після тривалих суперечок вирішили застосувати одну ідею, яка давно витала у повітрі, але не знаходила практичного застосування. Вони вирішили використати крило зворотної стрілоподібності (КЗС). Німецькі вчені-аеродинаміки вже знали, які переваги дає таке крило. Завдяки специфічному стіканню потоку по крилу не назовні, а всередину, до фюзеляжу, воно має більшу підіймальну силу, ніж крило прямої стрілоподібності того ж розмаху, площі тощо. Одночасно з цим покращується аеродинамічна якість і, як наслідок, підвищується маневреність.
Було зроблено кілька моделей майбутнього літака з КЗС. За підсумками десятків продувок в аеродинамічних трубах оптимальною була визнана стрілоподібність у -23°. Вона одночасно давала гарний приріст характеристик і не ускладнювала конструкцію. Однак дослідження показали, що літак з крилом зворотної стрілоподібності може літати лише за дотримання певного діапазону кутів атаки. При виході за його межі крило піддавалося дивергенції — консоль починало буквально вивертати. За відсутності своєчасних заходів крило руйнувалося. У зв’язку з цим уже на стадії продувок були вироблені рекомендації щодо допустимих режимів польоту. Оскільки спершу потрібно було відпрацювати створене крило на практиці й лише потім займатися створенням бойового літака, було вирішено побудувати певну «суміш» дослідного зразка та літаючої лабораторії. Для цього взяли фюзеляж від літака He-177 і хвостове оперення від бомбардувальника Ju-188. Із крилом для цього літаючого дива довелося повозитися. Річ у тім, що в конструкції розробленого крила достатньої жорсткості просто не знайшлося місця для прибирання шасі. Тому шасі дослідного літака довелося зробити неприбиральним. Носову стійку запозичили у трофейного американського B-24 Liberator, а основні складалися з перероблених вузлів від транспортника Ju-52. Усі колеса були закриті обтікачами на кшталт «лаптів» Ju-87. Чотири турбореактивні двигуни Jumo-004 довелося розміщувати, що називається, де було місце. Два вдалося встановити під крилом, а два інші прикріпили до носової частини фюзеляжу. Усі роботи з переробки наявної техніки в літаючу лабораторію з індексом Ju-287V1 були проведені навесні та на початку літа 1944 року.
У серпні того ж року льотчик-випробувач З. Хольцбауер уперше підняв Ju-287V1 у повітря. Зліт був непростим. Нормальна злітна маса літака коливалась біля позначки у двадцять тонн. З чотирма двигунами по 800–900 кгс тяги кожен, зліт такої машини перетворювався на тривалий і складний захід. Тому вже в першому польоті підкрильові мотогондоли Ju-287V1 були оснащені рідинними прискорювачами Walter HVK109-502 (500 кгс). Навіть із додатковою тонною тяги літак досить довго розганявся по злітній смузі й не хотів підніматися в повітря. Тим не менш, набравши необхідну швидкість, він пішов угору навіть жвавіше за своїх побратимів із крилом прямої стрілоподібності. За словами Хольцбауера, нове крило надало Ju-287V1 чудову керованість за креном. Ще один сюрприз чекав на льотчика перед посадкою. Випущені закрилки майже ніяк не вплинули на хід зниження. Питоме навантаження на крило у Ju-287V1 перевищувало 300 кілограмів на квадратний метр. Попри це, при заході на посадку зі швидкістю близько 240 км/год літак поводився впевнено і схильності до звалювання не проявляв. Дотик було здійснено на швидкості близько 180–190 км/год.
Перший політ призначався для початкового вивчення характеристик літака з КЗС. Починаючи з другого, Ju-287V1 отримав цілий набір дослідницької апаратури — самописці тощо. Також усю поверхню крил покрили шовковинками (закріпленими до літака за один кінець нитками), а в фюзеляжі, між крилом і оперенням, встановили кінокамеру й прозорий обтікач для неї. За допомогою цих засобів інженери та аеродинаміки Junkers збирали наочну інформацію про особливості течії потоку по поверхнях революційно нового крила. У ході перших 17 випробувальних польотів Ju-287V1 вдалося отримати достатньо інформації для покращення конструкції. Виявилося, що при виконанні глибоких віражів, а також на виході з пікірування, кермо висоти й напрямку починали втрачати свою ефективність. Завдяки шовковинкам і кінокамері вдалося встановити причину цього: хвостове оперення разом із рулями опинялося у збуреному сліді крила. Проте така проблема спостерігалася далеко не в усіх діапазонах кутів атаки. Зниження ефективності рулів у підсумку було визнано одним зі способів контролю за кутом атаки — щойно маневри починають іти туго, необхідно вирівнювати літак, інакше незабаром почнеться дивергенція, і крило зруйнується прямо в польоті. Другий недолік Ju-287V1 полягав у розташуванні двигунів. Як з’ясувалося, два двигуни в носовій частині фюзеляжу не тільки збільшували загальну тягу, але й створювали момент на кабрування. Щоб уникнути пошкодження крила і фюзеляжу реактивним струменем від передніх двигунів, останні були встановлені з невеликим розвалом назовні і під кутом до горизонталі. Це берегло конструкцію від перегріву, але ускладнювало поздовжнє балансування, а крім того, провокувало підняття носа і збільшення кута атаки. При цьому не можна не визнати, що навіть зі всіма своїми недоліками і фіксованим неприбиральним шасі перший дослідний зразок Ju-287 все ж зміг подолати швидкісний рубіж у 650 км/год. Непоганий результат для машини, призначеної для досліджень польотів на малих швидкостях.
Для повноцінних випробувань у всьому допустимому діапазоні швидкостей улітку 44-го був побудований другий дослідний літак під назвою Ju-287V2. На відміну від літака V1, другий екземпляр являв собою повністю нову конструкцію. Завдяки цьому, наприклад, вдалося зробити повноцінне прибиральне шасі. Та й зовні новий літак виглядав значно краще за свого попередника. Щоправда, непоганий зовнішній вигляд нової машини був «компенсований» її важкою долею. Планер Ju-287V2 було зроблено досить швидко. Але тут виникла загвоздка з двигунами. Теоретично, на Ju-287V2 можна було встановити що завгодно — від BMW-003 до HeS-011. Таким же великим був і розкид у тязі «претендентів». Здавалося б, обирай найкращий, найпотужніший і найзручніший двигун і став його на літак. Тільки на дворі була друга половина 44-го року, і союзники вже давно активно бомбардували заводи на території Німеччини. Питання вибору двигуна для Ju-287V2 ускладнювалось дефіцитом і низькими темпами виробництва. Через недостатню тягу двигунів Jumo-004 було вирішено оснастити Ju-287V2 двома моторами Jumo-012 тягою по 3000 кгс кожен. Встановлювати їх планували лише під крилом. Але тут дався взнаки дефіцит — проблеми з доведенням двигуна разом із виробничими труднощами змусили конструкторів «Юнкерса» відмовитись від двигунів «Юмо-012». Другим претендентом на роль силової установки нового літака став двигун HeS-011. При достатній простоті й дешевизні цей двигун мав меншу тягу — всього 1300 кгс. Тому довелося повертатися до чотиридвигунної схеми з розміщенням моторів під крилом і в носовій частині фюзеляжу. При цьому потужніші, ніж Jumo-004, двигуни створювали більше шуму. Але з огляду на військове призначення Ju-287 гучну роботу визнали прийнятною і терпимою для стройових льотчиків. Уже був готовий варіант переробки конструкції літака під нові мотори, як від суміжників надійшла недобра звістка. Двигуни від «Хейнкеля» також можна було не чекати. Залишилися лише BMW-003 і Jumo-004. Їхня потужність була ще меншою, тому для нормальної тягоозброєності на Ju-287V2 потрібно було ставити вже шість двигунів. Додати два зайві двигуни було непросто. Спочатку пропонувалося встановити під крилом дві мотогондоли (три двигуни в кожній), але згодом вирішили залишити все як є, а додаткові мотори розмістити під крилом поруч з уже наявними.